Στη δεύτερη γενιά των MT-09 η Yamaha καθυστέρησε έναν ολόκληρο χρόνο μέχρι να παρουσιάσει την έκδοση SP. Τώρα όμως στην τρίτη νέα γενιά, η κορυφαία έκδοση του τρικύλινδρου γυμνού εμφανίζεται μόλις μερικές μέρες μετά την βασική έκδοση. Με την βασική έκδοση να έχει σχεδόν τα πάντα σε επίπεδο εξοπλισμού, η έκδοση SP ποντάρει στην ποιότητα και όχι στην ποσότητα του εξοπλισμού. Η προσθήκη του cruise control το οποίο ενεργοποιείται μετά τα 50km/h και μόνο αν έχεις 4η, 5η και 6η σχέση στο κιβώτιο είναι το μόνο στοιχείο που θα προσέξουν όσοι αγοράζουν μοτοσυκλέτες με το κιλό.
Εκείνοι όμως που ενδιαφέρονται εξίσου για τα ποιοτικά χαρακτηριστικά, θα προσέξουν πως η SP έχει το ακριβό upside-down πιρούνι της KYB, με επίστρωση Diamond Like Coating που μειώνει τις τριβές και λεπτομερείς ρυθμίσεις αποσβέσεων, ενώ το πίσω αμορτισέρ είναι της Ohlins με αντίστοιχου επιπέδου ρυθμίσεις.
Υπάρχει μία χρωματική επιλογή με κορυφαίας ποιότητας φινίρισμα, όπου τα αυτοκόλλητα δεν εξέχουν από το βερνίκι και το ψαλίδι έχει φινίρισμα βουρτσισμένου αλουμινίου με βερνίκι, ίδιο με εκείνο της R1M. Ακόμα και το κάλυμμα της σέλας έχει αντιολισθητικό υλικό στο κέντρο και ειδικές ραφές.
Το τιμόνι και τα χειριστήρια σε μαύρο αλουμίνιο ολοκληρώνουν την σπορ και πολυτελή εικόνα της SP. Φυσικά έχει όλα τα νέα ηλεκτρονικά που συνοδεύουν τη νέα γενιά των MT-09, δηλαδή cornering ABS, Traction Control με αισθητήρα κλίσης/επιτάχυνσης, quick shifter Up/Down κ.τ.λ. και τον νέο υπερκυβισμένο κινητήρα Euro 5.